50 ára Jón Gunnar ólst upp í gamla austurbæ Kópavogs og býr í Kórahverfinu. Hann er með BA-próf í ensku og meistaragráðu í ritlist frá HÍ, er eigandi fyrirtækisins Ysland og stofnandi Lemon og Blackbox. Hann á einnig framleiðslufyrirtækið Kontent sem sér um að þróa leiknar sjónvarpsseríur og kvikmyndir. Áhugamálin eru fótbolti, lestur góðra bókmennta, utanvegahlaup og að vera með eiginkonu og börnum.
Fjölskylda Eiginkona Jóns Gunnars er Fjóla Katrín Steinsdóttir, f. 1983, sálfræðingur á Landspítalanum. Börn þeirra eru Jökull Ægir, f. 2015, og Matthías Maron, f. 2019, og börn Jóns Gunnars frá fyrra hjónabandi eru María, f. 2004, og Óðinn, f. 2008. Foreldrar Jóns Gunnars eru hjónin Ægir Geirdal Gíslason, f. 1946, og Lilja Sigurrós Jónsdóttir, f. 1948, búsett á Selfossi.