Jón Árnason fæddist 17.8. 1819 á Hofi á Skagaströnd, sonur séra Árna Illugasonar, f. 1754, d. 1825, og 3. k.h., Steinunnar Ólafsdóttur, f. 1789, d. 1864.
Jón lauk stúdentsprófi frá Bessastaðaskóla. Hann var bókavörður 1848-1887, fyrst á Stiftsbókasafninu en þegar safnið fékk titilinn Landsbókasafn Íslands árið 1881 varð hann fyrsti Landsbókavörður Íslands. Hann var einnig fyrsti forstöðumaður Forngripasafns Íslands, síðar Þjóðminjasafnið, þegar það var stofnað árið 1863. Lengi vel sá hann einn um bæði söfnin.
Jón varð fyrir áhrifum frá Grimmsbræðrum og fór að safna þjóðsögum og ævintýrum í samstarfi við Magnús Grímsson. Þeir gáfu út Íslenzk æfintýri árið 1852. Sú útgáfa hlaut dræmar viðtökur. Þeir tóku aftur upp söfnun sagna vegna hvatningar frá Konrad Maurer. Magnús dó 1860 en Jón hélt söfnuninni áfram. Á árunum 1862 til 1864 kom svo út stórvirki hans, Íslenzkar þjóðsögur og æfintýri í tveimur bindum og var það prentað í Leipzig með liðsinni Maurers.
Kona Jóns var Katrín Þorvaldsdóttir Sívertsen. Þau áttu einn son sem dó ungur.
Jón Árnason lést 4.9. 1888.